Слои можно представить в виде наложенных друг на друга кинолент, кадры которых точно совмещены, а сквозь незаполненные области верхних кадров просвечивает содержание нижних- В каждом новом фильме ПаыП изначально есть только один слой, но можно увеличить их количество и разместить в различных слоях графику, звук и иные элементы создаваемого фильма. Можно перетаскивать и редактировать объекты на одном слое, не затрагивая объекты, расположенные на другом слое, но при этом они будут ясно видны. Сквозь незаполненные области одного слоя видны слои, находящиеся ниже. Возможное количество слоев ограничено только ресурсами (памятью) компьютера, причем слои не увеличивают объем конечного файла фильма. Слои можно скрывать, блокировать или показывать их содержание в контурах, а также изменять порядок слоев.

Кроме того, поддерживаются специальные служебные слои (guide layers), позволяющие упростить рисование и редактирование, или слои-маски, чтобы создавать сложные и интересные эффекты.

Рекомендуется также создавать отдельные слои для звуковых файлов, для процедур, ярлыков кадров и комментариев, что позволит быстро находить эти элементы.

Ознакомьтесь с интерактивным введением в слои, выбрав команду Help (Справка) Þ Lessons (Уроки) Þ Layers (Слои).